诚然，自唐以来三教合流已是一股强大的潮流，但三教的彼此攻伐却从未停止过。元朝时有儒士论及三教，说佛是黄金，仙是白玉，儒是粮食，指出金玉虽贵，但有它无多，无它不少，而社会不可一日无粮。这个视佛、道如金玉的比喻背后隐藏着对佛、道的贬斥。张三丰倡三教同一之说，实际上是为道教辩护，替“邪道”开脱。他只承认有正邪之别，否认有三教之分，所谓三教不过是创始人不同而已。他说，儒、佛、道都讲道，它们的社会功用都是“修身利人”，“儒离此道不成儒，佛离此道不成佛，仙离此道不成仙”，儒家“行道济时”，佛家“悟道觉世”虽然教义偏颇但也有良做，道家“藏道度人”，同孔子一样，老子所传的也是“正心修身治国平天下”的理论。儒家修养人道，仙家修炼仙道。
张三丰把二者联系起来，以修人道为炼仙道的基础，强调无论贵贱贤愚，老衰少壮，只要素行阴德，仁慈悲悯，忠孝信诚，全于人道，离仙道也就自然不远了。他巧妙地把道家的内炼思想同儒家的道德学说合在一起，说：“人能修正身心，则真精真神聚其中，大才大德出其中。”他把儒家倡导的仁义与道家炼丹的铅汞画等号，称“仙家铅汞即仁义的种子”。在他那里，阴阳家五行的金木水火土、儒家五德的仁义礼智信和人体五经的肝肺心脾肾是一一对应的。他在《五德篇》中说：“仁属木也，肝也;义属金也，肺也;礼属火也，心也；智属水也，肾也；信属土也，脾也。”心有五德，身有五经，天地有五行，皆缺一不可，心无仁者必无养育之念，其肝已绝，而木为之槁枯；无义者必无权宜之思，其肺已绝，而金为之朽钝；无礼者必无光明之色，真心已绝，而火为之衰熄;无智者必无清澄之意，其肾已绝，而水为之昏涸;无信者必无交孚之情，其脾已绝，而土为之分崩。
所以说“德包乎身，身包乎心，身为心用，心以德明，是身即心，是心即身，是五德即五经，德失经失，德成身成，身成经成，而后可以参赞天地之五行”描绘还丹的景象，点明只要毫不懈怠地修炼，即可把精气神融合在一起，结成貌似朱橘、弹丸的纯阳之物，就能返璞归真了。
在他的《无根树》中，则主张采取口诀在乎性定情忘，回光返照，进而真气自生，渐入佳境，就好像戴仙花、饮仙酒，其乐无穷。但是，得药入炉又需要便宜温养，神明默运，谨守护持，一意不散，否则就会火候差失，炉毁丹飞。张三丰在内丹修持的各个环节，诸如戒欲、采药、炼药等各有一首词加以阐述。就其内容而言，可以说没有超乎前人的独到之处。但是，他却突破了长期以来道学文字艰深玄奥的规束，把魏伯阳《参同契》、陈转《无极图》、张伯端《悟真篇》的炼形、保精、调神、运气、归真还原等修真理论以通俗易懂的歌词形式表现出来，这便是张三丰在促进道教思想传播方面的贡献。
后世道众因此对他的《无根树》推崇备至，说它“吐老庄之秘密，续钟吕之心传”，不少道教宗师不厌无根树其烦地对《无根树》进行注释阐发，其中以清代龙门派传人刘一明和内丹西派始祖李西月的注释最为详实和精到。对张三丰本人道教也极为崇拜。明清时出现的道教派别几乎都同张三丰有联系，宝鸡三丰派、武当三丰派、王屋山三丰派、三丰自然派、三丰蓬莱派、三丰日新派等相继出现。据统计，清末时奉张三丰为祖师的道派就达17个之多。其中不乏影响较大的派别，如道光年间李西月自称遇张三丰亲授秘诀，讲道纳徒，活跃于四川乐山一带，创立了当时最大的道派之一。
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