还手握皇帝的尚方宝剑的时候，甚至在毛文龙投附如日中天的阉党，有阉党作强力後盾的时候（——>袁崇焕之死，正与阉党余孽以及得到其支持的毛文龙同乡温可仁的的试图翻案、疯狂报复有关），就有不少人认为毛文龙没有起牵制後金的作用。
登莱巡抚陶朗先为贯彻袁崇焕的前任，同样被皇上下令杀害的前辽东经略熊廷弼的灭後金战略，从後面牵制後金，并伺机反攻、收复辽阳，“仅三个月，组成水陆师三万，集马万匹、甲杖火器二百余万、战船二千余艘”。可陶朗先就说毛文龙“其在镇江者，兵单将寡，倘倏覆，不惟不足助河西章制之势，而徒启贼人防备南路之谋，致殄四卫归附之众。”
兵科右给事中薛国观也指出：“今岁正月，敌倾巢入犯，虽稍挫凶锋，而攻围屠掠逍遥内地者直二十余日，迨班师而东，操演沈阳，复图再至，文龙一似不知有牵制者。”工科给事中潘士闻甚至指劾毛文龙：“故智将动有成算，勇将所向无敌，未有翱翔海上八年，未复一城一池而可以言智；敌来深慝穷岛，敌去仍言牵制而可以言勇。”
兵科给事中李迂知也说：“毛弁潜入虎穴，恢复镇江，图之此其时矣。而道臣杨帆未早，朝鲜联络未成，江淮召募未旋，水兵望洋未渡，千里孤悬，鞭难及腹。不数日，奴大屠镇江男妇，烧毁房屋几尽，而文龙逃朝鲜去矣。发之早，不得不应，又不能卒应，损威招衅至此。”
工科给事中潘士闻甚至指劾毛文龙：“故智将动有成算，勇将所向无敌，未有翱翔海上八年，未复一城一池而可以言智；敌来深慝穷岛，敌去仍言牵制而可以言勇。”
山东总兵杨国栋在其疏劾毛文龙时所列的十大罪状中的第一、第二条就是“一、专阃海外八年，靡费钱粮无算。今日言恢复，明日言捣巢，试问所恢复者何地？所捣者谁巢？二、设毛文龙于海外，原为牵制，不敢西向，数次过河，屡犯宁锦，全不知觅，牵制安在？”
紧邻毛文龙、且掩护过毛文龙免於後金捕杀的，效忠大明、起过牵制後金作用的朝鲜，也有类似证言。朝鲜备边司议证实：“毛将所为，不思甚矣。贼冲宣川，不过数百骑，曾不能发一支箭，骈首就戮，有同群羊之见猛虎，其无胆勇，据此可想。为今计莫若藏踪秘迹，使虏不得窥觇去留。”亲自去过毛文龙营地的柳公亮向朝鲜国王李倧说：“以其兵力观之，似无剿胡之势。张晚去时结阵以见之，而军皆疲劣。虽或见小利而动，恐难举大事耳。”李景稷亦云“毛之军势疲甚，其意只欲安座岛中，享其富贵而已。”《李朝实录》记载毛文龙“蛰居孤岛，徒事张皇，”“今则徒享富贵，无意进取。识者皆忧其终不利于中原，而为我国之深患。”即使是後来以“擅杀大帅”的罪名，参与迫害袁崇焕的王永光，也曾不得不承认：“海外之师为牵制也，有须弥岛之退，又有攻掠海州之报，以牵奴者而牵于奴，文龙伎俩已穷。”（以上转引自《袁崇焕诛毛文龙辨析》一文所引用之史料）
[]前辽东经略熊廷弼更是直截了当地指出毛文龙酿成了奇祸[/]：“三方兵力未集，文龙发之太早，致敌恨辽人，屠戮四卫军民殆尽，灰东山之心，寒朝鲜之胆，夺河西之气，乱三方并进之谋，误属国联络之算，目为奇功，乃奇祸耳！”倒是投靠阉党的王化贞极力捧毛文龙，把毛文龙通过不服从统一调令，打乱熊廷弼的“三方布置策”以恢复失地的重大战略部署而取得的偶然胜利——镇江之捷，说成是“发踪奇功”。
不仅有关於毛文龙实力能力不足以牵制敌人，且只想割据一方，安享富贵，以及畏敌如虎、东躲西藏的指责。还有对毛文龙拥兵自重，骄横跋扈，滥杀无辜，谎报战果、欺骗朝廷等的指责。
当时的朝论也因此表现了对毛文龙的厌恶：“文龙当辽事破坏之後，从岛中收招辽人，牵制金、复、海、盖（指辽东半岛金州、复州、海州、盖州四卫之地），时时袭东，颇有功。但渐骄恣，所上事多浮夸，索饷又过多，朝论多疑而厌之者，以其握重兵，又居海岛中，莫能难也。”（夏允彝著：《幸存录》）
连崇祯帝也指责“岛帅毛文龙悬师海上，开镇有年，动以牵制为名，案验全无事实，剿降献捷，欺诳朝廷，器甲刍粮蠹耗军国。近乃部署夷汉多兵，泛舟进登声言索饷，雄行跋扈，显著逆行。”这些指责虽是在毛文龙被杀之後，但这些与诸如“通虏谋反”之类的、秘密的、没几人知道的罪名不同，都是公开的、因而大家能看得到的事情。比方说，倘若毛文龙真有过牵制满虏之事实，真没有“剿降献捷，欺诳朝廷”等逆行，那麽在毛文龙还活着的时候，朝野肯定都知道。别说崇祯帝不是弱智，就算是弱智，恐怕也不可能编造这种低级的谎言而让天下人笑话“父君”。明朝是一个极力推崇主张“君君臣臣、父父子子”的儒教，且皇帝拥有很大独裁权力的中央集权专制体系的朝代。若皇帝欲致人於死，找个罪名并非难事。崇祯帝要真想为袁崇焕杀毛文龙开脱责任的话，完全可以捏造其他罪名。
有些大臣因此还提出了撤销东江一镇（按某些“仇袁人士”的说法，这才是卖国贼）。例如兵部
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