不能亲眼目睹，恐怕激成事变而负隅顽抗，残局反而不好收拾”（如樊树志的《崇祯传》），可凭什麽就能保证那些认毛文龙为父，连祖宗姓都改成“毛”的亲信们，亲眼目睹自己的上司、“父亲”被杀，反而不会愤怒，反而不会激起事变，反而不会负隅顽抗呢？何况袁崇焕还是在他们自己的地盘上，当着他们的面杀他们的“父”呢。袁崇焕杀毛文龙之前，采取过诸如严格实行海禁的手段，试图从物质上控制毛文龙而引起了毛文龙的极大不满。毛文龙还向崇祯帝指责袁崇焕“实在是文臣误国”。从毛文龙给崇祯帝的上疏中的“诸臣都筹划除掉臣，却不筹划消灭满奴，拿国家大事当儿戏，为报私忿不惜操戈矛于同室”可知毛文龙甚至已经有了可能被杀的预感。因此毛文龙当然不会不警惕袁崇焕。因此，袁崇焕深入毛文龙的地盘去杀毛文龙，不但很难有百分之百成功的保证，弄不好被杀的不是毛文龙而是自己。再说，袁崇焕杀毛文龙後，既没有解散毛文龙的私人军队，也没有派自己的军队进驻。那麽毛的亲信同样也可以在袁崇焕离开後“激成事变而负隅顽抗”。另外，袁崇焕即使到了毛文龙的驻地，也没有非杀毛文龙不可之心。袁崇焕是在与毛文龙谈了三天，还让其亲信部下劝他，但都被毛文龙拒绝之後，才杀他的。因此，若毛文龙不拒绝袁崇焕的劝告，那袁崇焕就不会杀他。所以，“崇焕始受事，即欲诛毛文龙”，即“袁崇焕一上任就急着除掉有功之帅”的说法违背事实。
《明史/袁崇焕转》又云：“然岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其後致有叛去者。……文龙既死，甫逾三月，我滿清兵数十万分道入龙井关、大安口。……崇焕妄杀文龙，至是帝误杀崇焕。”这就很主观地认为正是袁崇焕杀了毛文龙，後金兵数十万才得以分道进攻大明。并以此指责是袁崇焕妄杀了毛文龙，至是自己又被崇祯帝误杀。
《明史》编纂者的观点这一观点也与捧毛贬袁的“仇袁人士”的“袁崇焕杀毛文龙，导致毛的部队叛变，为後金解除了後顾之忧，让後金大举奔袭北京，将最精锐的部队之一赠与了後金，袁崇焕是挑起内斗、让满清渔翁得利、火中取栗的极为恶劣的祸首，是自毁长城的始作俑者，袁崇焕不但该杀，就是杀几次都不算冤枉，袁崇焕死有余辜”之类的观点很相似。可惜这些不但都是马後炮，不但都是没有具体证据佐证的主观推测，而且还与事实不符。
二、“袁杀毛为後金解除了後顾之忧”实乃谎言
袁崇焕杀毛文龙，与所谓的“为後金解除了後顾之忧，让後金大举奔袭北京”没有必然的因果关系。
首先，袁崇焕斩毛文龙，并不意味着他不重视东江牵制满虏的战略作用，不等於他就放弃了东江以便为满虏解除这一牵制。袁崇焕不但没有像一些大臣那样认为牵制无效而撤销东江建制，反而很重视东江在牵制满虏上所起的战略作用。袁崇焕杀毛文龙後，就与其他将领一道，定兵制，“渐及登莱、天津，及定东江兵制”，统一军令建制，加强行军纪律，提高部队的协同作战能力，试图结束从前那种“经抚不和”互相牵制，导致军心民心涣散，最终惨败於後金，指挥官自身也因此身首异处的局面。
袁崇焕只杀毛文龙一人，认为其他人无罪而不予追究。连毛文龙之子、副总兵毛承祚都没杀，还继续委毛承祚以重任。袁崇焕也没有解散毛文龙的部队，更没有撤销东江建制。袁崇焕将东江兵分成四协，分别由毛承祚、副将陈继盛、旗鼓徐敷奏、降将游击刘兴祚领导。“收文龙敕印、尚方剑，令继盛代掌”，由陈继盛暂管东江事务，“俟各协中有立功的，即将毛帅所掌印题授。”袁崇焕还极力安抚毛文龙部下：对东江的1800名兵士，各赏银三两，还将所带来的十万两，给赏其余在岛兵。对毛姓兵丁，悉听复其旧姓任祖归宗，有才可用的，依旧委用。并分差各官，前往安抚各岛军民。又分付毛帅尸首，着他亲人自备上好棺木收敛。“尽管毛文龙部属”其众合老稚四万七千，妄称十万，且民多，兵不能二万，妄设将领千。“但还是向皇上建言不宜撤换将帅，而是让毛文龙部下陈继盛统领。袁崇焕仍不放心，唯恐毛文龙部下不满生变，而增饷银至十八万给东江兵，尽管东江”兵不能二万“。後来考虑到”东江一镇，牵制所必资今定两协，马军十营，步军五“，又请求崇祯帝将”岁饷银增至四十二万，米十三万六千。帝颇以兵减饷增为疑，以崇焕故，特如其请。“後东江兵员减少，可袁崇焕不但不减少饷银，反而还请求崇祯帝将饷银增至四十二万，米十三万六千。
以上事实还说明，无论是袁崇焕，还是崇祯帝，还是其他臣将，并不认为没有毛文龙的东江兵起不到牵制後金的作用，否则就不会投入那麽多钱粮了。既然包括最前线的指挥官以及皇上都这样认为，那就没有理由断定後金不这样认为，除非有一种後金比汉人聪明、更有先见之明的偏见。
其次，在毛文龙活着的时候，就有不少与毛文龙同时代的人认为毛文龙没有起牵制後金的作用。
其次，在毛文龙活着，且拥有毛家军，又悬师海上、等於是处於独立状态，朝廷鞭长莫及，并
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